El uso del microscopio por Leeuwenhoek y Malpighi, influyó enormemente en la metafísica leibniziana, en particular, en su teoría de la substancia o monadología y en la concepción del mundo como un organismo vivo autosuficiente.

El preformacionismo leibniziano se basó en gran medida en los descubrimientos realizados por ciéntíficos y biólogos del siglo XVII.

Los animálculos descubiertos por Leeuwenhoek así como los estudios realizados por Malpighi y Swammerdam sobre embriones y huevos de diversos animales, contribuyeron a rechazar la idea, muy extendida en el siglo XVII de la generación espontánea, que afirmaba que algunos animales, como las moscas o el gorgojo, se generaban a partir de la materia putrefacta, la tierra, e incluso, el trigo.

El preformacionismo sugería que la generación de los animales se producía a partir de pequeños seres microscópicos (animálculos o gérmenes) en los que el futuro animal estaba de alguna manera "preformado".

El animalculismo y la teoría de los gérmenes preexistentes le sirvieron a Leibniz para rechazar el puro mecanicismo cartesiano así como afirmar la eternidad de las substancias simples y negar la metempsícosis o transmigración de las almas.