(4) Tras cinco ediciones españolas y varias aprobaciones laudatorias del Tribunal, el Examen fue incluido en el Indice portugués, en 1583 en el Indice prohibitorio y en 1584 en el expurgatorio con indicación de los pasajes a suprimir, y ello a pesar de estar dedicado al gran rey, católico e intransigente, Don Felipe II. El denunciante, el Doctor Alonso Pretel, fue un comisario del Santo Oficio y "teólogo positivo" de la universidad de Baeza, quien al parecer se sintió caricaturizado en alguno de los ejemplos del libro de Huarte, teniendo el talento suficiente para ver retratado en ellos su pobre ingenio. Su denuncia es especialmente injusta teniendo en cuenta que, como dice su biógrafo Sanz, Huarte sólo nombra a quienes puede elogiar.